Na podpasłęckich ciepłych murawach Pajęcznica gałęzista porasta nasłonecznione i silnie pochylone wzgórza o wystawie południowej. Rośnie tam z wieloma innymi ciepłolubnymi gatunkami roślin.
Roślina charakterystyczna dla ciepłolubnych zbiorowisk okrajkowych . Na kserotermicznych murawach koło Pasłęka rośnie na suchych nasłonecznionych stokach . Kwitnie od końca czerwca do sierpni.