Roślina górska. Rośnie na murawach wysokogórskich i półkach skalnych.
W Polsce występuje tylko w Tatrach.
Zaraza macierzankowa pasożytuje na gatunkach roślin z rodzaju macierzanka (Thymus).
Zaraza czerwonawa pasożytuje na korzeniach roślin z rodziny motylkowatych . Najczęściej jak tu, na lucernie (Medicago sp.). Rosła na podgórskiej łące na obrzeżu lasu.